幼年时代的诸葛亮，同那个时代的绝大多数历史人物一样，没留下什么记载。
能确定的，只是他的童年很不幸。在很小的时候，母亲去世，随后没几年父亲也病死了。诸葛亮和他的大哥诸葛瑾、三弟诸葛均以及两位姐姐，就成为相依为命的孤儿。
好在琅琊诸葛氏本是名门望族，亲戚不少，诸葛亮他们几个就投靠叔父诸葛玄，混口饭吃。诸葛玄后来被任命为豫章郡的太守（豫章在今天江西南昌一带），南下上任，把诸葛亮、诸葛均他们姐弟几个也一起带去了。再后来，诸葛玄被免官后病逝，诸葛亮、诸葛均又搬家到荆州一带居住。
其居住地，有人认为在今天南阳的卧龙岗，有人认为在今天襄阳附近的隆中，也有人认为先在南阳，再在襄阳。
他们的大哥诸葛瑾则留在故乡琅琊侍奉继母，后来为了躲避战乱，辗转到江东，被孙权录用，成为孙吴政权的重要大臣。
诸葛玄之死
据史书记载，诸葛玄被免官后，因为和荆州牧刘表有交情，就去投奔他，诸葛亮兄弟也被带去。后来诸葛玄病故，诸葛亮只好自立门户。另一种说法，诸葛玄是在军阀混战中被杀，之后诸葛亮兄弟自己去的荆州。诸葛亮躬耕地“卧龙岗”的具体地点，襄阳、南阳两家争得头破血流，至今未能完全平息。
短短十多年中，年少的诸葛亮已经吃尽了世间的辛苦。与他一同吃苦的，则是整个大汉帝国属下的千百万子民。
就在诸葛亮四岁时，爆发了席卷半个中国的黄巾大起义，上百万农民揭竿而起，向欺凌压榨他们的贪官污吏发动血拼，不惜同归于尽。
起义被镇压之后，朝廷更加腐败，外戚和宦官又玩了一轮同归于尽的斗争，最终造成西凉土霸王董卓入朝，武力把持朝政。随后，袁绍为首的各地诸侯起兵，打着讨伐董卓的旗号，趁机割据州郡，正式揭开了乱世混战的序幕。
伴随着“英雄”们的征战，是下层民众的受苦受难。曹操曾有诗作“白骨露于野，千里无鸡鸣。生民百遗一，念之断人肠”，怜悯那个时代军民的惨景。当然，怜悯是停留在文学作品层面上的。到实际操作的时候，屠城，坑降，一个也不能少。
诸葛亮的故乡琅琊郡属徐州，原本遭受战祸相对较少，是中原民众避难的安乐窝。曹操的父亲曹嵩也曾在琅琊避祸。但到公元193年，这一切改变了。
这一年，曹操的父亲曹嵩被徐州牧陶谦的部将杀害。曹操化悲痛为力量，出兵徐州复仇，所到之处屠戮十余城。次年，曹军再入徐州，一路杀到琅琊、东海。曾经的避难桃源，成为新的修罗血海。诸葛亮的故乡，也被淹没在死亡恐怖之中。
诸葛亮此时是否还在琅琊，史料缺乏记载，不得而知。但至少他哥哥诸葛瑾应该经历了这惨祸。诸葛瑾最终离家避难，远走江东，这次战祸即使不是全部原因，也起到了重要的推动。
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